Aqui é mostrado um artigo bem interessante no que diz respeito a migração de ASP.NET 1.x para ASP.NET 2.0. Pelo que pude perceber em fóruns que participo, o maior impacto no ASP.NET 2.0 tem sido causado pelo novo modelo de compilação que o mesmo, por default, cria múltiplos assemblies (arquivos *.dll) e desaparece com a pasta \bin.